东林党人主掌内阁、都察院及六部，东林党势力较大，众正盈朝。杨涟、左光斗、赵南星、高攀龙、孙承宗、袁可立等许多正直之士在朝中担任重要职务，方从哲等奸臣已逐渐被排挤出去，吏制稍显清明。在东林党人的辅佐下，朱由校迅速提拔袁崇焕。

　　天启元年(1621年)三月，努尔哈赤率军攻陷了沈阳，明总兵尤世功、贺世贤都战死。总兵官陈策、童仲揆、戚金、张名世前去援助辽东战事，和后金军在浑河大战，但全军覆没。之后，努尔哈赤攻取了明朝辽东重镇辽阳，经略袁应泰自杀。努尔哈赤攻取辽阳之后，明熹宗再次启用熊廷弼，任兵部尚书兼右副都御史，经略辽东。八月，升任参将毛文龙为副总兵，命他排派兵守镇江。

　　天启二年(1622年)正月，后金军攻取西平堡，明副将罗一贵战死。镇武营总兵官刘渠、祁秉忠在平阳桥与后金军大战但是最后战死。王化贞与熊廷弼撤入关内。四月，上谓弹压登莱非公不可以袁可立为右佥都御史巡抚登莱赞理军务。八月，熹宗封皇五弟朱由检为信王。同时朱由校还下诏为张居正平反，录方孝孺遗嗣，优恤元勋，给予祭葬及谥号。

　　天启三年(1623年)，魏忠贤执掌东厂，用阉党的势力制衡风头正盛的东林党。

　　朱由校还喜欢自己动手做些木工，终年不倦。然而，每每他做这些事情的时候，魏忠贤就奏事。天启帝厌烦，不肯听下去，推说自己已经都清楚了，你们看着办就行。于是魏忠贤借机多次矫诏擅权，排挤东林党人，东厂番子横行不法，奸佞当道。

　　折叠党争祸国

　　主词条：东林党争

　　天启四年(1624年)六月，左副都御史杨涟弹劾魏忠贤二十四条大罪，各大臣也有跟多议论魏忠贤罪行的，朱由校都不听从。十月，朝廷削去吏部侍郎陈于廷、副都御史杨涟、佥都御史左光斗的官职。魏忠贤作威作福，外廷成了他的一言堂，个个叫他九千岁，各地为他立生祠。客氏则在后宫作难，养了好些个颇有姿色的宫女，进献给皇帝，反而是有了身孕的妃子，都被她设计谋害，甚至连皇后都被她堕胎。史书说她要效法吕不韦，做那个奇货可居的夺权之事。在以魏忠贤为首的阉党时期，他们不仅残酷地排除异己，还加深了对地主阶级的盘剥，使得民不聊生，政治极度黑暗。杨涟、左光斗、魏大中等东林六君子先后枉死。

　　天启五年(1625年)正月，后金军攻取了旅顺。三月，汪文言被审判定罪之后入狱，杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章等大臣被铺入狱，尚书赵南星等被夺官罢职。不久，杨涟等人相继死于狱中。五月，给事中杨所修上书请求将梃击案红丸案移

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